29/09/2022
Prezado(a) Associado(a),
O Laboratório de Reparo de DNA
do ICB/USP, coordenado pelo Prof. Dr. Carlos Menck, anuncia a abertura de
chamada para uma Bolsa TT5 (valor R$ R$ 8.478,40/mensal - dedicação de 40 horas
semanais) para trabalhar com Bioinformática.
A bolsa será para realizar
trabalho dentro do Projeto Temático FAPESP "Papel de danos no DNA e função
mitocondrial em envelhecimento vascular, imune e neurologico. (DNA
MoVINg)" e envolve principalmente a análise de dados humanos de NGS na
determinação de assinaturas mutacionais.
O resumo do plano de trabalho
a ser desenvolvido está abaixo, sendo que o candidato deve ser graduado e ter
experiência prévia profissional (5 anos) em informática e em análise de genomas
e, se possÃvel, em determinação de assinaturas mutacionais. A inscrição deve
ser feita até dia 15 de outubro, com o envio (para o e-mail cfmmenck@usp.br) do
currÃculo e manifestação das razões do interesse nesse plano de trabalho. Parte
dos candidatos selecionados serão entrevistados. A previsão de inÃcio é em 01
de novembro ou 01 de dezembro.
Resumo:
TÃtulo: Utilização de ferramentas de bioinformática na análise
de dados de genômica e transcriptômica em estudos de reparo de DNA e
mutagênese.
Resumo: Esta proposta prevê o desenvolvimento de ferramentas e aplicação de
pipelines de bioinformática visando o estudo dos mecanismos e respostas a
lesões de DNA em células humanas e suas consequências. A proposta prevê a
continuidade do uso de plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) como
ferramenta para a investigação dos tipos de lesão induzidas no genoma e sua
relação com a tumorigênese. Além disso, também prevê a avaliação de respostas
de células humanas deficientes após stress oxidativo utilizando transcriptomas
para investigar a relação com o bloqueio da transcrição e envelhecimento.
Também continuaremos a identificar mutações genéticas em pacientes brasileiros
com deficiências em processos de reparo de DNA utilizando sequenciamento de
exomas e painéis. A avaliação de assinaturas mutacionais tem sido um foco
importante deste grupo e o treinamento de um bioinformata que consiga realizar
essas análises deverá trazer benefÃcios importantes para o desenvolvimento do
projeto. Esta análise hoje está extremamente limitada a uma aluna de doutorado,
que contribue com vários projetos em andamento. Portanto o projeto inclui o uso
de ferramentas de bioinformática para a análise de exomas e chamadas de
variantes; análises de RNA-Seq e expressão diferencial; Análise de genomas
bacterianos, metagenoma shotgun e metatranscriptômica utilizando dados
provenientes de plataformas Illumina. Além disso, o projeto também prevê a
implementação, auxÃlio e manutenção do Plano de Gestão de Dados do Projeto,
fundamental para o desenvolvimento e compartilhamento das informações oriundas
do projeto associado.
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